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Arrêt de travail : Sécu, mutuelle, prévoyance, qui paie quoi ?
Un arrêt de travail, c'est d'abord du repos et des soins. Mais très vite, une question arrive : qu'est-ce que je vais toucher ? Entre la Sécurité sociale, l'employeur, la prévoyance et la mutuelle, les rôles se mélangent souvent. Voici, étage par étage, qui verse quoi, à partir de quand, et ce qu'il est utile de vérifier dans vos contrats avant d'en avoir besoin.
Les trois étages de votre indemnisation
Pendant un arrêt de travail, vos revenus reposent sur trois étages qui s'empilent :
① la Sécurité sociale, qui verse des indemnités journalières ;
② l'employeur, qui complète ces indemnités si vous êtes salarié et remplissez certaines conditions ;
③ la prévoyance, collective ou individuelle, qui prend le relais ou complète encore.
La mutuelle, elle, joue un autre rôle, que nous verrons plus bas. Chaque étage a ses règles, ses délais et ses limites. C'est leur addition qui fait votre revenu réel pendant l'arrêt.
Étage 1 : la Sécurité sociale
Combien ?
Pour un salarié, l'Assurance maladie verse des indemnités journalières égales à 50 % d'un salaire journalier de base. Ce salaire est calculé sur vos trois derniers salaires bruts. Depuis le 1er avril 2025, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC. Concrètement, au-delà d'un salaire brut d'environ 1,4 SMIC, l'indemnité n'augmente plus : plus votre salaire est élevé, plus l'écart avec votre revenu habituel se creuse.
À partir de quand ?
Un délai de carence de 3 jours s'applique : les trois premiers jours d'arrêt ne sont pas indemnisés par la Sécurité sociale, sauf exceptions (accident du travail, maladie professionnelle, certaines affections de longue durée).
Ce qui a changé au 1er septembre 2026
Depuis le 1er septembre 2026, la durée des arrêts prescrits est encadrée : 31 jours au maximum pour un premier arrêt, puis 62 jours au maximum par prolongation (décret du 12 juin 2026). Le médecin peut aller au-delà s'il estime que l'état de santé du patient le justifie. Cette règle limite la durée de chaque prescription, pas votre droit à être indemnisé : un arrêt long reste possible, il est simplement renouvelé plus souvent.
Étage 2 : le maintien de salaire par l'employeur
Si vous êtes salarié depuis au moins un an, la loi oblige votre employeur à compléter les indemnités de la Sécurité sociale. Après un délai de carence de 7 jours, il maintient 90 % de votre rémunération brute pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants (indemnités journalières déduites). Ces durées s'allongent avec l'ancienneté.
Votre convention collective ou un accord d'entreprise peut prévoir mieux : pas de carence, maintien intégral, durée plus longue. C'est souvent le premier document à relire, et le plus méconnu.
Le point de vigilance
Une fois la période de maintien terminée, il ne reste que les indemnités journalières. Pour un arrêt de plusieurs mois, la baisse de revenu peut donc arriver en deux temps : d'abord à la fin du maintien à 90 %, puis à la fin du maintien à 66,66 %.
Étage 3 : la prévoyance
C'est l'étage qui fait la différence pour un arrêt long. La prévoyance peut être :
collective, mise en place par votre employeur pour ses salariés ;
individuelle, souscrite par vous-même, ce qui est indispensable pour un travailleur indépendant.
Elle verse des indemnités complémentaires en cas d'incapacité de travail, puis une rente en cas d'invalidité, selon les garanties choisies. Trois lignes de votre contrat méritent toute votre attention :
La franchise : le nombre de jours d'arrêt avant que la prévoyance intervienne.
Le niveau de garantie : le pourcentage de votre revenu qui sera maintenu, toutes sources confondues.
Les exclusions : certaines affections (dos, troubles psychiques) peuvent être couvertes sous conditions seulement.
Et la mutuelle dans tout ça ?
C'est la confusion la plus fréquente que nous rencontrons. La mutuelle (ou complémentaire santé) rembourse vos frais de soins : consultations, médicaments, hospitalisation, en complément de la Sécurité sociale. Elle ne remplace pas vos revenus. Si vous avez une très bonne mutuelle mais aucune prévoyance, vos soins seront bien remboursés, mais votre salaire, lui, ne sera pas maintenu.
Les indépendants : un autre calendrier
Artisans, commerçants et professions libérales relèvent aussi de l'Assurance maladie, avec des règles propres : une condition d'affiliation d'au moins 12 mois, un délai de carence de 3 jours, et des indemnités calculées sur le revenu moyen des trois dernières années, dans la limite de plafonds. Pour certaines professions libérales, la durée d'indemnisation est plus courte. Il n'y a pas d'employeur pour compléter : pour un indépendant, la prévoyance individuelle est souvent le seul vrai filet.
Et votre crédit immobilier pendant l'arrêt ?
Les mensualités de votre prêt continuent de tomber pendant un arrêt. C'est le rôle de la garantie incapacité temporaire de travail de votre assurance emprunteur, si elle a été souscrite. Deux notions décident de ce qu'elle versera :
la franchise, souvent de 90 jours : avant, rien n'est pris en charge ;
la quotité : la part du prêt couverte pour chaque emprunteur.
Vérifiez aussi si le contrat indemnise de façon forfaitaire (il verse ce qui est prévu) ou indemnitaire (il tient compte de ce que vous percevez déjà). Au cabinet, nous avons mis en place 33 délégations d'assurance emprunteur en un an : la lecture de ces lignes est toujours notre première étape, bien avant la comparaison des prix.
Pour aller plus loin : notre article sur le droit à l'oubli et la convention AERAS, pour emprunter après un problème de santé.
Comment nous vous accompagnons
Depuis notre cabinet de Bois-d'Arcy, nous aidons les salariés, indépendants et dirigeants de Versailles, de Saint-Quentin-en-Yvelines et de tout le département à y voir clair, en trois temps :
① l'état des lieux : ce que versent la Sécurité sociale, votre employeur et vos contrats actuels, chiffré sur votre situation ;
② les trous : la période ou le montant qui ne sont pas couverts, et leur effet sur votre budget et votre crédit ;
③ les solutions : prévoyance adaptée, ajustement de l'assurance de prêt, à garanties comparées et expliquées en mots simples.
Questions fréquentes
Ma mutuelle peut-elle me verser un complément de salaire pendant mon arrêt ?
Non, en principe. La mutuelle rembourse des frais de santé. Le maintien de vos revenus relève de l'employeur et de la prévoyance. Certains contrats regroupent les deux, mais ce sont bien deux garanties distinctes.
Je suis indépendant : qui paie pendant mon arrêt ?
L'Assurance maladie verse des indemnités journalières si vous remplissez les conditions, après 3 jours de carence. Il n'y a pas de maintien de salaire. Une prévoyance individuelle permet de compléter, et de couvrir vos frais professionnels si le contrat le prévoit.
Mon assurance de prêt paie-t-elle dès le premier jour d'arrêt ?
Rarement. La plupart des contrats prévoient une franchise, souvent de 90 jours. Consultez votre notice : c'est elle qui fixe ce délai, la quotité et le mode d'indemnisation.
En résumé
Pendant un arrêt de travail, la Sécurité sociale pose la base, l'employeur complète pour un temps, la prévoyance prend le relais, et la mutuelle s'occupe des soins. Savoir qui paie quoi, c'est surtout repérer à l'avance la période où personne ne paie. Vous voulez faire le point sur votre situation ? Prenons rendez-vous, par téléphone, en visio ou chez vous : rendez-vous sur a2jcourtage.fr/contact.
Règles vérifiées le 18 octobre 2026. Information générale, non contractuelle : seules les conditions de vos contrats, votre convention collective et les textes en vigueur font foi.
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